O Programa de Questões Transversais centra-se nos direitos humanos, na prevenção e punição do genocídio e de outras atrocidades em massa, no género, no ambiente, no VIH/SIDA, nas doenças sexualmente transmissíveis, na malária, na tuberculose, nos assentamentos humanos e na juventude. Além disso, no desempenho das suas funções, o Programa é também responsável por assegurar que estas várias questões sejam devidamente integradas e tidas em conta nas actividades dos quatro programas emblemáticos do Secretariado da Conferência, nomeadamente: Paz e Segurança, Democracia e Boa Governação, Integração Regional e Desenvolvimento Económico, e Questões Humanitárias e Sociais.

Desde a sua criação, o programa de questões transversais centrou-se nos principais domínios dos direitos humanos e da prevenção do genocídio, incluindo a criação de comités nacionais para a prevenção do genocídio na RCA, na RDC, no Congo Brazzaville, no Quénia, no Uganda, no Ruanda, na Tanzânia e no Sul do Sudão; A criação do Comité Regional para a Prevenção do Genocídio; a formação dos membros do Comité Regional sobre o sistema de alerta rápido e a preparação de um projeto sobre a introdução de módulos de educação cívica e moral sobre a prevenção do crime de genocídio e de outras atrocidades em massa nos sistemas educativos dos 12 Estados-Membros.

As perspectivas do programa são a realização de um estudo sobre os mecanismos existentes e o funcionamento das estruturas nacionais de promoção e defesa dos direitos humanos e sobre a situação dos direitos humanos na região; a criação de comités nacionais para a prevenção do genocídio nos 4 Estados-Membros restantes e a revitalização dos comités nacionais existentes nos 8 Estados-Membros; e a mobilização de fundos para a execução do plano de ação do comité regional para a prevenção do genocídio.