Le Sommet tenu à Nairobi en 2007 a établi le Mécanisme régional de suivi pour faciliter la mise en œuvre du Pacte. Il s’agit notamment du Sommet des chefs d’État et de gouvernement, du Comité interministériel régional, du Secrétariat de la Conférence, des Mécanismes nationaux de coordination, du Mécanisme de collaboration et d’autres structures ou forums spécifiques, selon le cas, pour assurer la mise en œuvre du Pacte.
Selon l’article 23 du Pacte, elle est l’organe suprême de la CIRGL et est présidée par un chef d’État ou de gouvernement à tour de rôle tous les deux ans. Il se réunit tous les deux ans en sessions ordinaires. Exceptionnellement, une session extraordinaire du Sommet peut être convoquée à la demande d’un État membre et avec le consentement d’une majorité qualifiée de huit États membres présents et votants, et qui ont ratifié le Pacte.
Elle est composée du président actuel, de l’ancien président immédiat et du prochain président. Conformément à l’article 23 (5), la troïka est tenue d’assister le président dans l’exécution de son mandat. Elle facilite les consultations régulières et constantes en dehors des réunions formelles habituelles.
Ceci est l’organe exécutif de la CIPGLR, composé des Ministres des Affaires Étrangères des États Membres. Selon cette partie, le RIMC doit se réunir deux fois par an en session ordinaire, mais peut également se réunir en session extraordinaire à la demande des États Membres. Il est présidé par le Ministre d’un État Membre à tour de rôle.
Le Secrétariat de la Conférence est l’organe technique et de coordination de la Conférence. Il est dirigé par un Secrétaire Exécutif et est chargé de coordonner, de faciliter et de suivre la mise en œuvre du Pacte et des Programmes d’Action pour parvenir à la paix, à la sécurité et au développement dans la Région des Grands Lacs. Le Secrétariat a également pour mandat de coordonner la mise en œuvre des décisions du Sommet. Le Secrétariat a son siège à Bujumbura, au Burundi.
Il dispose des organes/centres décentralisés suivants :
- Levy Mwanawasa Regional Centre on Democracy and Good Governance (LMRC); il a été créé en 2011 et a pour mandat de mener des recherches et des analyses opérationnelles afin de contribuer aux processus d’élaboration des politiques coordonnés par le Secrétariat.
- Centre régional de formation (RTF) sur la violence sexuelle et sexiste, Kampala ; a été créé en 2014 conformément au Protocole de la CIRGL sur la prévention et la répression de la violence sexuelle à l’égard des femmes et des enfants. Le mandat est de « … former et sensibiliser les unités de police, les officiers de justice, les médecins, les travailleurs sociaux et les autres catégories de personnes qui traitent des cas de violence sexuelle.
- Mécanisme conjoint de vérification élargi (EJVM), Goma ; Il a été lancé en septembre 2012 à Goma et comprend des experts militaires des États membres de la CIRGL, de l’Afrique du Sud, de la MONUSCO et de l’UA. Il surveille et mène des enquêtes sur les incidents de sécurité.
- Centre conjoint de fusion du renseignement (JIFC), Goma ; Il est composé de deux représentants chacun des 11 États membres et est géré par un comité de coordination régional (CCR) tournant. Le JIFC rend compte au RCC et au président des chefs d’état-major de la CIRGL qui, à son tour, rend compte au Comité des ministres de la Défense.
- Mécanisme Conjoint de Suivi (JFM) sur le FAD, Kasese ; Il a été créé le 18 février 2017. Il comprend des experts de la lutte contre le terrorisme de la RDC, du Kenya, de l’Ouganda et de la Tanzanie.
- Mécanismes nationaux de coordination (NCM)
Le pacte prévoit également des mécanismes nationaux de coordination, qui sont établis dans chaque État membre pour faciliter la mise en œuvre du pacte dans les États membres. Le CNM comprend également des représentants de la société civile, des femmes et des jeunes, afin d’assurer un suivi concerté de la mise en œuvre des décisions prises par le Sommet et le CRIM.