Le Secrétariat de la Conférence est l’organe technique et de coordination de la Conférence. Il est dirigé par un Secrétaire Exécutif et est chargé de coordonner, de faciliter et de suivre la mise en œuvre du Pacte et des Programmes d’Action pour parvenir à la paix, à la sécurité et au développement dans la Région des Grands Lacs. Le Secrétariat a également pour mandat de coordonner la mise en œuvre des décisions du Sommet. Le Secrétariat a son siège à Bujumbura, au Burundi.

Il dispose des organes/centres décentralisés suivants :

• Levy Mwanawasa Regional Centre on Democracy and Good Governance (LMRC); il a été créé en 2011 et a pour mandat de mener des recherches et des analyses opérationnelles afin de contribuer aux processus d’élaboration des politiques coordonnés par le Secrétariat.
• Centre régional de formation (RTF) sur la violence sexuelle et sexiste, Kampala ; a été créé en 2014 conformément au Protocole de la CIRGL sur la prévention et la répression de la violence sexuelle à l’égard des femmes et des enfants. Le mandat est de « … former et sensibiliser les unités de police, les officiers de justice, les médecins, les travailleurs sociaux et les autres catégories de personnes qui traitent des cas de violence sexuelle.
• Mécanisme conjoint de vérification élargi (EJVM), Goma ; Il a été lancé en septembre 2012 à Goma et comprend des experts militaires des États membres de la CIRGL, de l’Afrique du Sud, de la MONUSCO et de l’UA. Il surveille et mène des enquêtes sur les incidents de sécurité.
• Centre conjoint de fusion du renseignement (JIFC), Goma ; Il est composé de deux représentants chacun des 11 États membres et est géré par un comité de coordination régional (CCR) tournant. Le JIFC rend compte au RCC et au président des chefs d’état-major de la CIRGL qui, à son tour, rend compte au Comité des ministres de la Défense.
• Mécanisme Conjoint de Suivi (JFM) sur le FAD, Kasese ; Il a été créé le 18 février 2017. Il comprend des experts de la lutte contre le terrorisme de la RDC, du Kenya, de l’Ouganda et de la Tanzanie.