Nos termos do artigo 23.º do Pacto, é o órgão supremo da CIRGL e é presidido por um Chefe de Estado ou de Governo, rotativamente, de dois em dois anos. A Cimeira reúne-se de dois em dois anos em sessão ordinária. Excecionalmente, pode ser convocada uma sessão extraordinária da Cimeira a pedido de um Estado-Membro e com o consentimento de uma maioria qualificada de oito Estados-Membros presentes e votantes, que tenham ratificado o Pacto.
É composta pelo atual Presidente, pelo anterior Presidente imediato e pelo próximo Presidente. Nos termos do n.º 5 do artigo 23.º, a Troika deve assistir o Presidente na execução do seu mandato. Facilita consultas regulares e constantes fora das reuniões formais habituais.
Trata-se do órgão executivo da CIRGL, composto pelos Ministros dos Negócios Estrangeiros dos Estados membros. De acordo com a parte, o CIMR deve reunir-se duas vezes por ano em sessão ordinária, mas pode também reunir-se em sessão extraordinária a pedido dos Estados membros. A sua presidência é exercida rotativamente pelo Ministro de um Estado-Membro.
O Secretariado da Conferência é o órgão técnico e de coordenação da Conferência. É dirigido por um Secretário Executivo e é responsável por coordenar, facilitar e monitorizar a implementação do Pacto e dos Programas de Ação para alcançar a paz, a segurança e o desenvolvimento na Região dos Grandes Lagos. O Secretariado também tem o mandato de coordenar a implementação das decisões da Cimeira. O Secretariado tem a sua sede em Bujumbura, Burundi.
Tem os seguintes órgãos/centros descentralizados:
- Centro Regional Levy Mwanawasa para a Democracia e a Boa Governação (LMRC); foi criado em 2011 e está mandatado para realizar investigação e análise operacionais para contribuir para os processos de elaboração de políticas coordenados pelo Secretariado.
- Mecanismo Regional de Formação (RTF) sobre SGBV, Kampala; foi criado em 2014, em conformidade com o Protocolo da CIRGL sobre a Prevenção e a Repressão da Violência Sexual contra as Mulheres e as Crianças. O mandato consiste em “…formar e sensibilizar as unidades policiais, oficiais de justiça, médicos, assistentes sociais e outras categorias de pessoas que lidam com casos de violência sexual.
- Mecanismo de Verificação Conjunta Alargada (MVCJ), Goma; Foi lançado em setembro de 2012 em Goma e é composto por peritos militares dos Estados membros da CIRGL, da África do Sul, da MONUSCO e da UA. Acompanha e efectua investigações sobre incidentes de segurança.
- Centro Conjunto de Fusão de Informações (JIFC), Goma; É composto por dois representantes de cada um dos 11 Estados-Membros e é gerido por um Comité de Coordenação Regional (CCR) rotativo. O CICV responde perante o CCR e o Presidente do Estado-Maior da CIRGL que, por sua vez, responde perante o Comité dos Ministros da Defesa.
- Mecanismo de acompanhamento conjunto (JFM) do FAD, Kasese; Foi criado em 18 de fevereiro de 2017. É composto por peritos em contraterrorismo da RDC, do Quénia, do Uganda e da Tanzânia.
- Mecanismos nacionais de coordenação (MNC)
O Pacto prevê igualmente a criação de Mecanismos Nacionais de Coordenação, que são estabelecidos em cada Estado-Membro para facilitar a aplicação do Pacto nos Estados-Membros. O MNC inclui igualmente representantes da sociedade civil, das mulheres e dos jovens, a fim de assegurar um acompanhamento concertado da aplicação das decisões tomadas pela Cimeira e pela CIMR.